Dopo una carriera da calciatore nelle serie minori svedesi (ad eccezione di una sola stagione), Janne Andersson inizia ad allenare nel 1989. Nel 2004 ha inizio la sua prima avventura come capo allenatore in Allsvenskan, la massima serie svedese.
Nel 2016 prende il posto di Erik Hamren, che aveva ricoperto il ruolo di allenatore della nazionale svedese fino agli Europei. Guida la Svezia nelle qualificazioni ai Mondiali 2018. Gli scandinavi concludono il girone al secondo posto dietro la Francia ma riescono a qualificarsi sconfiggendo l’Italia nel doppio spareggio, grazie alla vittoria per 1-0 a Solna e lo 0-0 di San Siro.
In Russia, i ragazzi di Andersson vanno oltre le aspettative raggiungendo i quarti di finale, dove sono sconfitti dall’Inghilterra.
Nelle qualificazioni a Euro 2020, la Svezia di Janne Andersson conquista il secondo posto nel gruppo F dietro alle Furie Rosse della Spagna, ottenendo il pass per la fase finale.